20200823

偽陰偽陽偽什麼?

一個彰化衛生局的不當篩檢, 讓台灣對於武漢肺炎的防疫策略吵翻天.
政治上的風暴就先不管, 不過有些科學名詞不試著釐清, 可能會導致兩邊吵翻天都不知道在吵什麼.
其中最常見的就是所謂的"偽陰性' (False negative)和"偽陽性"(False positive)

從字面上來看, 偽陰性, 就是"本來不是陰性, 測得的結果是陰性"; 反之, 偽陽性, 就是"本來不是陽性, 測得的結果是陽性". 簡單明瞭, 打完收工.

但是, 話若要講透支, 目屎就撥未離

有些普篩派認定, 怕有偽陰偽陽, 那就多做幾次, 確認後再出報告就好.

代誌不是傻人想的那麼簡單

偽陽性的產生或許可以經過多做幾次就降低發生率, 但是偽陰性的產生就不是多做幾次可以解決的了. 這在統計學上早就已經是公認的了, 因為我的生統也沒學好, 所以在這裡就先跳過數學的部分, 我們可以就實際上的篩檢方式, 來看看偽陰性和偽陽性是怎麼發生的.

先拆座壂 先講原理
目前SARS-CoV-2病毒的檢測是以RT-PCR為主, 抗體反應為輔.
RT-PCR是檢測病毒RNA的量, 針對的目標是病毒本身. 而抗體反應則是檢測人體的免疫系統在感染病毒後產生的免疫球蛋的量, 針對的是人體反應. 一般認為RT-PCR的"準確率"會比抗體反應高, 所以大多以RT-PCR做為確診的判斷依據.

RT-PCR的原理是先找到這個病毒一段具有"特異性"的序列. 然後用帶有螢光標記的"引子"(primer)去和這段序列結合並且複製這段序列, 使這段序列的數目增多, 然後用螢光的強度去定義序列的量, 等到螢光強度超過芋個"人為設定"的值之後, 就回推計算其病毒序列原始濃度. 

抗體反應則比較簡單, 利用抗原抗體的結合力高, 在抽血的樣本中, 加入帶螢光的抗原, 再計算有結合的抗原螢光強度, 就可以確認其抗體濃度.

而這兩種方法的科學原理都是基於化學上的分子-分子結合能力

而我們知道, 分子和分子的結合能力永遠不可能是 100%

在這裡就會出現造成偽陰性和偽陽性的原因

很多分子生物檢驗的操作者會以為只要RT-PCR的檢測是陽性, 那該檢體一定是陽性, 有些比較頂真的還會多做一兩次來確認. 然而, 基於化學分子特性, 分子生物檢驗的結果, 必然會有偽陽性, 而且不會因為你做的次數多而消失. 因為一個引子和一段序列在結合的時後, 其反應為一個化學平衡, 就算是完全不互補的序列, 也會因為部分分子間氫鍵或是疏水性(hydrophobicity)作用力的作用而結合, 而其中氫鍵結合也正好是引子和序列的結合方式. 這種反應和人為的操作相關性非常小, 而是和化合物本生的特性直接相關, 因此, 偽陽性雖然可以經由增加檢測次數而降低的. 但是不會消失.

偽陰性的來源從分子間作用力來解釋, 則是反應機率和閥值設定的問題. 當反應物, 例如病毒DNA, 的濃度低到一定程度, 分子碰撞機率就會減少, 因此會使得引子和序列的複製反應延遲發生, 那麼就會讓RT-PCR的delta-CT值增加, 這時候會有些撿驗機關把delta-CT的閥值提高來降低偽陰性的發生, 但是這種做法同時會增加偽陽性的機率.

偽陰性和偽陽性是不可避免的, 當你提高準確度, 減少偽陽性的時候, 就會增加偽陰性的發生; 而當你提高敏感度減少偽陰性的時候, 就會增加偽陽性的發生. 

這是科學

至於彰化衛生局的葉彥伯, 你還是回去重上生統和PCR原理吧

20171028

中研院開放參觀很糟糕

中研院開放參觀很糟糕
早期的開放目的是為了爭取預算
在阿扁執政那幾年, 李遠哲主持的中研院預算常常被國民黨挾怨報復
有時候被卡到十月才能拿到經費
#台灣的科研落後#國民黨真是功不可沒

20171019

我沒倫理

近來新聘用的助理或學生都要上一個所謂的學術倫理課
然後再看完一堆網頁後, 填寫一張考卷, 考卷達八十五分才能辦理報到手續, 否則就要一直重考.
學術倫理很重要嗎? 當然重要.
寫完考卷你就會有學術倫理嗎? 正常人沒人會這麼認為吧!


20170105

勞基法之平匡必須死

最近有一齣很紅的日劇 "月薪嬌妻"
日文的原名是"逃避可恥但有用" (逃げるは恥だが役に立つ)
主角是 結衣...
(聽說要增加點擊率就要放照片)(那只好盜圖了)
(圖片取自網路)

20160512

中央研究院不是給老人玩政治鬥爭的場地

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    自從2016年2月19日浩鼎生技抗乳癌新藥解盲以後, 中研院院長翁啟惠對解盲結果發表評論, 台灣的各個媒體紛紛以臆測的方式,抨擊翁啟惠院長涉及內線交易, 用大量不實報導對科技研發的結果加以扭曲, 對台灣的生技產業和中央研究院的研究氛圍造成不能彌補的傷害. 許多人更是利用這個機會, 對中研院裡的職位分配指指點點, 意圖從這個媒體塑造出來的風暴中, 利用政治鬥爭的方式來攫取政治利益, 赤裸裸的權力競奪讓人目不暇給.

    而綜觀各方提出攻擊的人士, 大多來自於所謂年高德邵的老人們. 包括八十歲的院士項武忠, 七十多歲的李信徹, 六十多歲的院士陳培哲, 七十二歲的院士曾志朗.以及七十三歲的院士徐遐生, 當然,最後還有一個六十六歲的馬英九

    整個中研院遴選院長的正常程序, 就被這些老人們當成是政治角力的舞台, 到處向媒體放話, 似乎是想証明權力果然是他們最有效的春藥, 可以展現他們老當益壯的雄風.

    但是,中央研究院之所以是中華民國最高的學術機構, 所仰賴的當然是研究的能量. 當這些老人們在對青壯年下指導棋, 要求現在埋首於研究工作的研究員們發表論文和進行產學合作技術轉移的時候, 會不會對於空有院士稱謂卻只在乎權力分配遊戲的自己感覺得羞恥?

    當研究員在努力提升中研院的學術水準的時候, 敗壞中研院聲譽的卻是這些院士級的大老?

    在學術的場域, 論文, 專利和技轉金才是權力的來源, publish or perish, 身為中研院基層約聘雇工作人員, 我要敬告這些老人們, 停止你們無謂的政治鬥爭, 正如同你們在檢視研究人員升等時, 只看他們的研究成果, 我們在檢視你們的能力和言論的可信度時, 同樣也只看你們的研究成果, 沒有論文的人就閉嘴, 這是學術界的現實.

    放到院長的遴選來看, 分析一下三位被提名人的學術成就, 答案是什麼, 應該很簡單吧!

至於院士或是遴選委員們有什麼意見....
先把論文拿出來再說話好嗎?

20160115

機關算盡,反誤了卿卿性命.

距離2014總統立委選舉只剩下十個左右,
如果沒有出現什麼兩顆子彈或是兩顆飛彈之類的事件,
或是北韓的氫彈沒有飛歪到台灣來,
總統的選情已經大致抵定.
而區域立委的部分,該做的就是催票固票,不要犯錯為主,
基本上也沒有太大的驚喜.
因此, 廝殺比較慘烈的大概就是不分區的選票了.